Оккупированная часть Советского Союза была разделена на четыре зоны: в одной, непосредственно примыкающей к линии фронта, была установлена военная администрация; во второй зоне, находившейся под военным управлением, вермахт предоставил свободу действий ”эйнзацгруппен”, и евреи были почти полностью уничтожены в первые же месяцы оккупации. Немецкие военные части, особенно ”Ваффен СС” и даже регулярные армейские подразделения непосредственно помогали ”эйнзацгруппен” в истреблении евреев.
В некоторых городах, находившихся под управлением немецкой военной администрации, нацисты были вынуждены оставить в живых определенное количество еврейских специалистов: столяров, жестянщиков, сапожников, портных и т. д. Это была вынужденная мера, так как им не хватало специалистов неевреев. Но и эти люди были уничтожены спустя несколько месяцев. Вторая зона, куда входили Эстония, Латвия, Литва, Западная Белоруссия со столицей Минск, часть Украины до Днепра были подчинены немецкой гражданской администрации, во главе которой стоял министр по делам восточных территорий Альфред Розенберг.
Истребление евреев на временно оккупированных территориях продолжалось полицией и СД, подчиненных немецкой гражданской администрации. Большинство евреев из республик Прибалтики были уничтожены до конца 1941 года. В Западной Белоруссии, в Минске и в Западной Украине евреи были уничтожены до конца 1942 года.
В третью зону входили Молдавия и широкие пространства юго-западной Украины, находившиеся между реками Днестр и Буг, включая Одессу. Эта область получила название Транснистрия и была передана румынским властям. На территориях под румынским управлением уничтожение евреев было проведено при участии румынской жандармерии и армии.
В четвертую зону входила Восточная Галиция с городом Львовом. Эта территория была присоединена немцами к Генеральному Губернаторству в Польше. Евреи, жившие там, разделили судьбу евреев оккупированной Польши. Большинство из них погибли в лагере смерти Бельзец.
На всех оккупированных территориях активное участие в уничтожении евреев, включая массовые расстрелы, принимали полицейские, которых немцы вербовали из местных предателей.Из-за нехватки рабочей силы, в особенности специалистов, немецкая гражданская администрация распорядилась частично сохранить гетто и трудовые лагеря в Вильнюсе, Каунасе, Риге, Минске, Львове, Транснистрии и некоторых других местах.
Жизнь в гетто была невыносимой — голод, холод, постоянный страх, каторжная работа. Это было существование в ожидании смерти. Немцы регулярно проводили так называемые ”акции”, во время которых в первую очередь уничтожали всех нетрудоспособных: детей, стариков и больных. А за ними на очереди были и трудоспособные.
Узникам гетто запрещались какие бы то ни было формы общественной деятельности, отправление религиозных обрядов, культурная деятельность, даже рождение детей. Перед смертью евреи должны были осознать, что они — люди низшего сорта. Немцы хотели их морально согнуть, измучить, унизить, а потом — убить.
Евреи гетто мужественно сопротивлялись варварским действиям нацистов. Игнорируя приказы немцев, они организовывали медицинскую помощь, проводили просветительные и религиозные мероприятия, оказывали социальную поддержку. Женщины продолжали рожать в подпольных родилках. Тайно сохраненные радиоприемники приносили узниками гетто сведения о поражениях гитлеровских войск. За колючую проволоку проносились запрещенные печатные издания. В некоторых гетто велись подпольные архивы, целью которых было сохранить письменные свидетельства об этом страшном времени, о том, как в те годы существовали, боролись и умирали евреи.